Pengakuan terhadap kualitas proses dan luaran pelaksanaan tridharma Perguruan Tinggi ditunjukkan oleh pengakuan dalam bentuk akreditasi atau sertifikasi. Program Studi S1 Akuntansi JAFEUA telah mendapatkan Akreditasi A sejak tahun 2003 dengan SK No. 05815/Ak-VII-S1-024/UADAKT/VIII/2003. JAFEUA kemudian berhasil mempertahankannya dalam proses reakreditasi pada tahun 2010 yang ditetapkan melalui SK No. 042/BAN-PT/Ak-XIII/S1/I/2011 sejak awal tahun 2011.
Setelah itu, JAFEUA kembali mendapatkan hasil A pada tahun 2015 yang berlaku sampai tahun 2020. Berdasarkan hasil Asesmen Kecukupan (AK, Desk Evealuation) Program Studi Tahap 17, Rapat Pleno Badan Akreditasi Nasional Perguruan TInggi (BAN-PT) tanggal 28 November 2015, memutuskan bahwa Program Studi S1 JAFEUA kembali mendapatkan Akreditasi Program Studi dengan Peringkat A berlaku sejak tanggal 28 November 2015 sampai 28 November 2020 dengan nilai 377. Proses reakreditasi ini dilalui tanpa melalui proses Asesmen Lapangan (AL, visit). Terakhir, pada tahun 2020 status akreditasi A kembali didapatkan oleh Prodi S1 Akuntansi yang berlaku sampai tahun 2025 (SK No. 7841/SK/BAN/BAN-PT/Ak-PPJ/S/XII/2020).
Selain akreditasi, Program Studi S1 Akuntansi juga telah mendapatkan Pengakuan Internasional melalui perolehan sertifikat Jaminan Mutu dari Asean University Network- Quality Assurance (AUN-QA) pada tahun 2018 dan berlaku sampai tahun 2023. Saat ini, Prodi S1 Akuntansi, bersama dengan Prodi S2 Akuntansi dan 4 Prodi lainnya di FEUA sedang dalam tahap menunggu pelaksanaan visitasi akreditasi internasional Foundation for International Business Administration Accreditation (FIBAA) yang berbasis di Jerman. JAFEUA selalu berkomitmen untuk meningkatkan proses secara internal untuk mendapatkan pengakuan lebih luas dalam bentuk peroleh akreditas atau sertifikasi internasional lainnya dengan kesadaran bahwa perolehan akreditasi dan sertifikasi tidak hanya sebagai sebuah capaian, akan tetapi sebagai wahana untuk terus melakukan perbaikan secara berkelanjutan.
Sertifikat akreditasi dapat dilihat pada gambar di bawah ini:
