JAFEUA dipimpin oleh seorang ketua Jurusan yang dibantu oleh Sekretaris jurusan dan 5 orang Kepala Program Studi. Selain itu, pengelolaan JAFEUA juga didukung oleh Direktur, Wakil Direktur dan Kepala-kepala divisi pada Pusat Pengembangan Akuntansi (PPA) dan Gugus Kendali Mutu (GKM) pada semua Program Studi. Saat ini, Ketua dan Sekretaris Jurusan dipercayakan kepada Dr. Fauzan Misra, M.Sc, Ak, CA, BKP dan Dr. Annisa Rahman, M.Si, Ak, CA. Masa kepengurusan Ketua dan Sekretaris Jurusan adalah 2021-2025. 

Kepala Program Studi, Direktur, dan Wakil Direktur PPA adalah sebagai berikut:

1. Kaprodi S2 Akuntansi: Dr. Aries Tanno, M.Si, Ak, CA

2. Kaprodi Pendidikan Profesi Akuntansi: Rahmat Kurniawan, SE, M.A, Ak, CA, BKP, CPA

3. Kaprpdi S1 Reguler: Dian Yuni Angraeni, SE, M.S.Ak

4. Kaprodi S1 internasional: Vima Tista Putriana, M.Sc, Ph.D, Ak, CA

5. Kaprodi S1 Intake D.III: Firdaus, SE, M.Si, Ak, CA

6. Direktur PPA: Dr. Elvira Luthan, M.Si, Ak, CA

7. Wakil Direktur PPA: Warnida, SE, MM, Ak